SAP und die Technische Universität München analysieren menschliches Proteom mit Hilfe von SAP HANA

Blog | 11. Juni 2013 von SAP News 0

SAP AG (NYSE: SAP) und die Technische Universität München (TUM) stellten heute die neue Datenbank ProteomicsDB vor, in der Protein- und Peptid-Identifizierungen aus Massenspektrometrie-basierten Experimenten gespeichert werden. Die in der neuen Datenbank erfassten Proteomikdaten führten zur Identifizierung von Proteinen, die mehr als 18.000 menschlichen Genen zugeordnet werden können. Das entspricht 90 Prozent des menschlichen Proteoms. Die in ProteomicsDB gespeicherten und analysierten Daten können in der Grundlagen- und der biomedizinischen Forschung zur Erschließung neuer Anwendungsgebiete sowie zur Entwicklung neuer Medikamente und verbesserter Diagnoseverfahren genutzt werden.

Mit der Verbreitung der personalisierten Medizin geht im Gesundheitswesen auch die Entdeckung der Möglichkeiten der Analyse großer Datenmengen einher. Als Resultat eines gemeinsamen Projekts zwischen dem Lehrstuhl für Proteomics and Bioanalytics der TUM, SAP und dem SAP Innovation Center stellt ProteomicsDB einen wichtigen Schritt im Bereich der menschlichen Proteomik dar. Die Datenbank enthält derzeit mehr als 11.000 Datensätze mit Informationen aus menschlichen Krebszelllinien, Geweben und Körperflüssigkeiten. Neben der Echtzeitanalyse dieser hochdimensionalen Daten bietet die Möglichkeit der Überprüfung analytischer Hypothesen einen unmittelbaren Nutzen.

ProteomicsDB basiert auf der Plattform SAP HANA®, die eine schnelle Auswertung und Visualisierung von Daten ermöglicht. Die Datenbank wurde so konzipiert, dass  Massenspektrometrie-basierte Proteomikdatensätze weltweit genutzt werden können. Vor der Veröffentlichung vertraulicher Daten kann entsprechenden Benutzern der Zugriff auf diese Daten sowie die Möglichkeit ihrer Überprüfung gewährt werden. Die Datenbank verfügt über 50 TB Speicherplatz, 2 TB RAM und 160 Prozessoren. Eine direkte Schnittstelle zu den Programmiersprachen L, C++ und R ermöglicht Berechnungen, die mit Standard-SQL nicht möglich wären. Die Web-Oberfläche baut auf einem JavaScript-Framework für HTML5 auf und wurde für Google Chrome optimiert, steht aber auch für Internet Explorer und Mozilla Firefox zur Verfügung. Über eine benutzerfreundliche und schnelle Web-Oberfläche können Benutzer Daten durchsuchen und in das Repository hochladen sowie das menschliche Proteom durchsuchen, einschließlich Informationen auf Proteinebene wie z. B. Proteinfunktionen und Überexpression.

ProteomicsDB wird kostenlos bereitgestellt. Die Datenbank stellt sowohl für Forscher im Bereich der Biowissenschaften als auch für die Pharma- und Biotechnologiebranche eine wertvolle Ressource dar. Erkenntnisse aus der Analyse der inhärenten Datensätze können in der biomedizinischen Forschung und beispielsweise bei der Entwicklung neuer Medikamente genutzt werden, die gezielter wirken, ohne andere zelluläre Vorgänge zu beeinträchtigen, und so Nebenwirkungen reduzieren helfen.

„Angesichts der großen Mengen an molekularbiologischen Daten, die im Rahmen der biomedizinischen Forschung anfallen, wird es für Wissenschaftler immer schwieriger, vor lauter Bäumen den Wald noch zu sehen“, so Prof. Dr. Bernhard Küster von der TUM. ProteomicsDB bringt uns bei unserer Forschung, die darauf abzielt, ein besseres Verständnis menschlicher Krankheiten und damit fundiertere Behandlungen zu ermöglichen, einen bedeutenden Schritt voran. Durch die Möglichkeit des Speicherns, Integrierens und Analysierens von Versuchsdaten in Echtzeit können komplexere biologische Systeme eingehender erforscht werden als bisher.“

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